Giancarlo Fisichellam po niezbyt udanym starcie w pierwszym Grand Prix sezonu w Bahrajnie zdołał wywalczyć Pole Position przed wyścigiem o wielką nagrodę Malezji, na torze Sepang International Circuit. Dla Włocha jest to już trzecie pole posiotion w jego dotychczasowych startach w mistrzostwach świata Formuły 1. Tuż obok kierowcy Renault wystartuje reprezentant Hondy, Jenson Button, który nieznacznie był gorszy od Fisichelli tracąc zaledwie 0.146 sekundy do Włocha.

Mniej szczęścia w kwalifikacjach miał mistrz świata, Hiszpan, Fernando Alonso, który zdołał zakwalifikować się dopiero na siódmej pozycji, co na pewno utrudni Alonso skuteczną walkę o zwycięstwo w wyścigu. Także obaj kierowcy Ferrari startować będą z odległych pozycji. W boldzie Felipe Massy po dwukrotnej wymianie silnika pozycja startowa jest już znana i zajmie on jedna z ostatnich pozycji startowych. Natomiast Michael Schumacher wystartuje z pozycji 14 do jutrzejszego wyścigu po jednej wymianie silnika.

Pierwszy blok kwalifikacji nie przyniósł większych niespodzianek. Pierwsza sesja kwalifikacyjna upływała dość spokojnie, a czołowi kierowcy w komplecie zakwalifikowali się do drugiego bloku kwalifikacyjnego. Na pewno niespodzianką nie jest fakt, że najsłabszymi w pierwszej części okazali się obaj kierowcy Super Aguri, których bolidy znacząco odstają od reszty stawki. Także w komplecie nie zakwalifikowali się obaj kierowcy Toro Rosso, oraz zespołu Midland F1 Team.

Do drugiego boku przystąpiło jednak 15, a nie 16 kierowców, ponieważ Felipe Massa, reprezentujący barwy Ferrari zdecydował się na start z ostatniego rzędu, ponieważ już od Grand Prix Bahrajniu wymieniono w jego bolidzie aż dwukrotnie silnik. Drugi blok kwalifikacyjny wygrał Brytyjczyk Jenson Button z zespołu Honda F1 Racing. Pechowcem drugiego bloku był reprezentant Red Bull Racing, David Coulthard, któremu zabrakło zaledwie 0.018 sekundy do dziesiątego Ralfa Schumachera. Jak się później okazało to był tylko awans, ponieważ awarii uległa jednostka napędowa, i Ralf Schumacher nie mógł już wystartować w ostatniej sesji kwalifikacyjnej. Więc tak jak w przypadku Massy, również Ralf Schumacher wystartuje z końca stawki.

Zawiódł i to bardzo Rubens Barrichello. Brazylijczyk nie był wstanie zakwalifikować się do finałowej sesji kwalifikacyjnej. Nawet jeżeli kierowca Hondy zakwalifikowałby się do finałowej sesji czekała go kara utraty 10 pozycji na starcie z powodu wymiany silnika w jego bolidzie. Nie zmienia to jednak faktu, że nie zakwalifikowanie się do finałowego bloku jest dużą niespodzianką na minus. Po raz kolejny rozczarował także Jarno Trulli. Reprezentant Toyoty najwyraźniej nie potrafi się odnaleźć w nowym systemie kwalifikacji, lub Toyota nie jest tak konkurencyjna, jak choćby rok wcześniej. Na drugim bloku swoje kwalifikacji zakończyli również obaj kierowcy BMW Sauber F1 Team, Jacques Villeneuve, oraz Nick Heidfeld.

Do trzeciej sesji kwalifikacyjnej przystąpiło zaledwie dziewięciu kierowców. Spowodowane to było awarią silnika w bolidzie Ralfa Schumachera. Wszyscy kierowcy dużo czasu spędzili na torze, powodem było zużywanie paliwa, aby móc skutecznie walczyć o najlepszy czas okrążenia, który dawałby pole posiotion. Pole Posioton w takiej sytuacji zdobył Giancarlo Fisichella, drugi czas zdołał uzyskać Jenson Button, ale największą niespodziankę sprawił kierowca Williamsa, Nico Rosberg, który zakwalifikował się na bardzo dobrej trzeciej pozycji, a jego partner z zespołu, znacznie bardziej doświadczony Mark Webber uzyskał piąty czas w rywalizacji o pole position, ale z racji, że Michael Schumacher zostanie przesunięty z czwartej pozycji na czternastą (wymiana silnika), to zespół Williamsa śmiało może myśleć o dobrym występie swojego zespołu w jutrzejszym wyścigu.

Dalsze miejsca uzyskali obaj kierowcy zespołu McLaren. Zarówno Montoya i Raikkonen wystartują adekwatnie z piątej i szóstej pozycji. Być może oba bolidy McLarena są dość pokaźnie zatankowanie. Na to świadczyłyby straty powyżej jednej sekundy do czasu Fisichelli.

Z pokaźną stratą do Fisichelli, na siódmej pozycji uplasował się mistrz świata Fernando Alonso, który narzekał na osiągi i opony w swoim Renault. Może jest to jakaś zasłona dymna przed wyścigiem, prawdopodobnie bolid Hiszpana jest bardzo pokaźnie zatankowany i będzie on maksymalnie długo opóźniać swój pierwszy zjazd na tankowanie.