Ostatnią sesje treningową przed kwalifikacjami wygrał Niemiec, Michael Schumacher z czasem 1:34.126 sekundy. Jeszcze przed ostatnią sesją treningowa pojawiły się spekulacje, czy w bolidzie Niemca dojdzie do wymiany silnika. Jak się później okazało taka wymiana nastąpiła, co będzie go kosztowało 10 miejsc w dół przed wyścigiem o wielką nagrodę Malezji. Drugi czas na torze Sepang uzyskał Hiszpan, Fernando Alonso, który stracił zaledwie 0.054 sekundy do najlepszego czasu Michaela Schumachera. Partner z zespołu Schumachera, Felipe Massa podjął decyzję o starcie z końca stawki w wyścigu, więc skupił się na testowaniu ustawień pod wyścig i ostatecznie zajął siedemnastą pozycję ze stratą ponad trzech sekund do Schumachera.

Za Fernando Alonso znalazł się drugi kierowca zespołu Renault, Giancarlo Fisichella, którego strata do zwycięzcy wyniosła prawie pół sekundy. Kolejne miejsce zajął Jenson Button, jego strata wyniosła 0.490 sekundy do czasu zwycięzcy. Znacznie słabiej spisał się partner Buttona z zespołu Honda F1 Racing, Rubens Barrichello, który uzyskał zaledwie piętnasty czas sobotnich treningów z dość pokaźną stratą, bo aż 2.529 do czasu swojego niedawnego partner z Ferrari.

Dość dobrze spisał się kierowca Red Bull Racing, Christian Klien notując piąty czas sobotnich treningów. Klien jako jedyny wystartuje z silnikiem Ferrari, jeszcze z Grand Prix Bahrajniu, ponieważ w bolidzie Davida Coultharda, oraz dwóch kierowców Ferrari zdążono już wymienić jednostkę napędową. Za młodym kierowcą Red Bulla znaleźli się jeszcze Kimi Raikkonen, Ralf Schumacher, a ostatnim kierowcą w pierwszej dziesiątce był reprezentant Williamsa, Nico Rosberg.

Słabo wyszedł trening drugiemu kierowcy McLarena. Montoya uzyskał zaledwie szesnasty czas ostatniego treningu z dość sporą strata wynoszącą prawie trzy sekundy. Być może jest to spowodowane jakimiś problemami technicznymi w bolidzie MP4-21 u Montoii. Chociaż zespół temu stanowczo zaprzecza.